反硝化细菌的胞质中含有一种蓝铜蛋白——伪蓝蛋白。这种蛋白质在电子传递链中发挥作用,因为它将亚硝酸盐还原为一氧化氮。为了满足不同光谱实验的需要,已经成功地将原来的铜离子[Cu(II)]替换为其他过渡金属离子。天然的铜离子(Cu2+)被锌离子(Zn2+),利用Zn/S SAD相位在2.2Å波长下发现其晶体结构。为了实现这一目标,首先使用高多重度采集单波长异常色散(SAD)数据集。进行了研究,以估计可能需要得到一分钟Zn/S子结构来确定结构的最低多重性。
数据收集
一个Bruker D8风险衍射系统D8 VENTURE有一个微聚焦IµS密封管,配备了光学HELIOS MX, PHOTON 100探测器,KAPPA测角器和低温设备。在4天内测量了87倍的多样性和75组数据,没有任何辐射损伤。
图1所示。Zn-pseudoazurin水晶
数据处理
使用Proteum2软件完成数据的减少和收集。Sadabs和Saint被用来缩放并整合数据。表1显示数据的集合以及处理统计信息。
表格1。数据收集和处理统计
数据收集和处理统计 |
分辨率(一个) |
2.2 |
曝光时间(秒) |
20. |
旋转角度(°) |
0.8 |
华收集(°) |
8297. |
多重 |
87.2 |
完整性(%) |
95.6 |
RPIM.(%) |
2.48 |
I /Σs(i) |
15.9 |
RANOM*(%) |
3.05 |
*平均异常强度差异。
多种数据集合对悲伤阶段的影响
通过省略在数据,分阶段和缩放集成中使用的越来越多的运行数字来实现多个相比的顺序降低。调整所有试验中的异常原子的搜索被调整为隔离十个XM(Shelxd)峰值。这些结果如表2所示。在分析的基础上可以看出,只需要微小的分数来确定亚结构和随后的蛋白质结构相位。数据集包含6个运行等,显示为原子的正确站点的最高峰值。
表2。子结构检测的成功作为多重性的函数
跑 |
多重 |
思考/独特* |
在10个总共的原子网站上的子结构峰值 |
75. |
87.2 |
1184616/13583 |
ZN,5次满足 |
44 |
65. |
869876/13379 |
ZN,5次满足 |
35 |
52.9 |
707379/13378 |
ZN,5次满足 |
29 |
41.5 |
555356/13378 |
ZN,5次满足 |
25 |
36.8 |
492779/13376 |
ZN,5次满足 |
15 |
20.3 |
271355/13343 |
ZN,5次满足 |
7 |
10.5 |
139476/13326 |
ZN,5次满足 |
6 |
8.4 |
111922/13325 |
4 .单词brace联想记忆: |
5 |
6.6 |
87693/13289 |
Zn,3遇到了 |
4 |
4.6 |
61076/13257 |
Zn,3遇到了 |
* unmerged异常数据
结构和细化的确定
在亚结构测定完成之后,使用XE(Shelxe)对从相同晶体获得的高分辨率数据集进行的相延伸和密度修饰。在初始相位的循环期间,追踪结构的残留物以及异常散射体的追踪,而在悲伤相位的先进电子密度图中,Shelx位于总共123个残留物中的96个残基。在定位链中,不使用已知的假冈素结构。除了使用CoOT6和XFIT5的手动干预外,使用REFMAC54使用REFMAC54进行限制的重复细化,并且XFIT5显示了如图2所示的电子密度图。
图2。在2S的模型细化后的电子密度图(PDB加入代码4RH4)。
结论
的D8 Venture.如有数据处理软件策略2,提供了精确和准确的强度。这足以获得来自锌(Zn)和硫散射的异常弱散射的阶段,衍生自具有多个具有多样性的数据,这通常被认为是过低的,因为有效悲伤的相位。
该信息已从布鲁克AXS公司提供的材料中获取、审查和改编。欧洲杯足球竞彩
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