基于质谱(MS)的蛋白质组学已经成为一项强大的技术，使研究人员能够更深入、更快地研究蛋白质组。可用于数千种蛋白质的鉴定和定量;然而，由于现有的质谱仪的速度、灵敏度和分辨率，对完整蛋白质组的覆盖仍然有限。
timsTOF Pro使用了并行累积序列碎片(PASEF)获取方法，提供了极高的速度和灵敏度，能够在低样本量下达到鸟枪蛋白质组学和磷蛋白质组学的新深度。
双TIMS技术实现了接近100%的占空比，高灵敏度和高速霰弹枪蛋白质组学。这一创新设计允许离子在前段积累，而在后段离子根据离子迁移率顺序释放。
timsTOF Pro由PASEF提供动力，被认为是霰弹枪蛋白质组学的完美匹配。它提供了高于100hz的测序速度，而不损失灵敏度或分辨率。这是通过同步四极分离质量窗口与特定肽包从TIMS漏斗的洗脱时间来实现的。
新的离子光学正交设计使其具有优越的鲁棒性。它以前无法达到的健壮性水平已经被消除，shotgun蛋白质组学的性能现在在大样本队列中没有受到影响，这是临床研究中蛋白质组学所需要的。
MaxQuant/Perseus和PEAKS Studio支持数据处理，现在可以深入研究4th维度。开放式数据格式意味着研究人员可以直接使用原始数据并使用行业领先的软件。MaxQuant已被修改为管理空间中的4维特征，包括保留时间、离子迁移率、质量和信号强度。
这有利于多肽、蛋白质和翻译后修饰的鉴定和定量。山峰工作室结合新创排序与传统的数据库搜索，并增强处理timsTOF原始数据。
我们现在知道，肽混合物在二维分析时(保留时间和m/z)仍然是极其复杂的。
原则上，再增加一个维度会让我们取得很大进展。除了额外的分离维度，timsTOF Pro给了我们极高的速度和灵敏度，以更少的样品材料深入蛋白质组。
马提亚·曼教授，德国马普生物化学研究所蛋白质组学和信号转导系主任
timsTOF Pro:鸟枪蛋白质组学的新标准