Zeiss Zen Intellisis用于显微镜中的图像分割

就像微观图像一样令人着迷,Zen Intellisis的真实价值在于它们提供的信息。图像分割是显微镜中最困难的问题之一,它是所有未来图像分析程序的基础。

即使是非专家,也可以通过Zen Intellesis的基于Python的机器学习算法(包括像素分类和深度学习)来快速开发固体和可重复的分割结果。现在,用户可以一次配置该软件,Zen Intellisis将自动分割一批数百个照片。用户可以节省时间,同时减少用户偏见。

强调

使用深度学习来细分图像

用户通常需要在几张照片中细分不同类型的项目,以从中获取可信赖的数据。使用Zen Intellisis,用户可以使用个人知识在几张照片上准备软件。

然后,对软件模块Zen Intellisis的高级机器学习算法(包括深度学习)将在数百张可比较的照片上执行所有耗时的分割过程。

甚至可以使用Python驱动的工具来研究复杂的多维多模式数据,其中包括具有真实多通道提取功能的像素分类和使用预训练的网络进行分割。用户还可以将自己的深度学习模型与软件集成并使用。

享受平滑的工作流程集成

使用软件模块Zen Intellisis简单地进行机器学习:只需安装图像,创建类,标签像素,准备模型并分割图像即可。用户甚至可以将预训练的模型合并为典型任务(例如Nucleus分割),可用于细分和分析完整的数据集。

此外,用户可以训练自己的网络并将其导入ZEN(还提供用于创建定制预训练网络的商业服务)。

Intellisis是可以拼写的,并且已完全集成到Zen Blue和Zen Core Imaging软件中的图像分析框架中。该集成确保所有重要的元数据保持连接并可以用于后续处理过程。

以许多格式分析来自许多来源的多模式图像

借助Zen Intellisis软件模块,用户可以轻松地从广泛的成像来源分割多维图像,包括:

  • 无标签显微镜
  • 共聚焦显微镜
  • X射线显微镜
  • 电子显微镜
  • 荧光显微镜
  • 超级分辨率显微镜
  • 广场显微镜
  • 轻度显微镜

使用Zen Connect,用户可以在同一材料上合并来自几个显微镜的图像,并使用Zen Intellisis的结果来提取更有用的信息。为了细分感兴趣的结构,该软件将同时采用各种方式的特征表示。Zen Intellisis可以通过简单地导入OME-TIFF或TXM图像或使用第三方导入功能来分割所有Bio-Formats兼容图像。

应用示例生命科学欧洲杯线上买球

1.刮擦测定

(左)记录的延时电影的单一框架。(右)分割Zen Intellisis-刮擦区(绿松石),细胞层(橙色)和有丝分裂细胞(红色)的结果。

((左边)记录的延时电影的单一框架。((正确的)分割Zen Intellisis-刮擦区(绿松石),细胞层(橙色)和有丝分裂细胞(红色)的结果。图片来源:Carl Zeiss显微镜GmbH

基于Zen Intellisis分割结果,使用ZEN图像分析模块随时间测量了刮擦区域的大小。

基于Zen Intellisis分割结果,使用ZEN图像分析模块随时间测量了刮擦区域的大小。图片来源:Carl Zeiss显微镜GmbH

2.刺和树突

表达绿色荧光蛋白的神经元的树突。图像在伊利拉(Elyra)ps.1上以结构化照明获取,该图像在树突上显示刺。

表达绿色荧光蛋白的神经元的树突。图像在伊利拉(Elyra)ps.1上以结构化照明获取,该图像在树突上显示刺。图片来源:Carl Zeiss显微镜GmbH

用Zen Intellisis分割导致刺(绿色)与树突(红色)和背景(蓝色)明确分离。

用Zen Intellisis分割导致刺(绿色)与树突(红色)和背景(蓝色)明确分离。图片来源:Carl Zeiss显微镜GmbH

3.果蝇

果蝇的X射线显微照片。1400张Z-stack的整个果蝇,用Zeiss 520 Versa获得。

果蝇的X射线显微照片。1400张Z-stack的整个果蝇,用Zeiss 520 Versa获得。图片来源:Carl Zeiss显微镜GmbH

通过Zen Intellisis获得的分割结果 - 外骨骼(红色),内部结构(蓝色和黄色),背景(绿色)。

通过Zen Intellisis获得的分割结果 - 外骨骼(红色),内部结构(蓝色和黄色),背景(绿色)。图片来源:Carl Zeiss显微镜GmbH

基于外骨骼类渲染的3D模型。

基于外骨骼类渲染的3D模型。图片来源:Carl Zeiss显微镜GmbH

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XRM砂岩 - 原始。

XRM砂岩 - 原始。图片来源:Carl Zeiss显微镜GmbH

XRM砂岩 - 标记。

XRM砂岩 - 标记。图片来源:Carl Zeiss显微镜GmbH

XRM砂岩 - 经过训练和细分。

XRM砂岩 - 经过训练和细分。图片来源:Carl Zeiss显微镜GmbH

XRM砂岩 -  IP功能输出。

XRM砂岩 - IP功能输出。图片来源:Carl Zeiss显微镜GmbH

如何分割图像

用自己的眼睛看到它:下载免费试用版

图像包含真相:今天注册下载Zen Intellisis的30天免费试用版。用户将能够使用此软件模块的整个功能进行深度学习图片细分:

  • 训练软件
  • 标记样品中的类
  • 定义样本中的类
  • 加载各种各样的图像文件
  • 细分图像

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